La présidence du Conseil des EPF est responsable de la préparation et du suivi des affaires du Conseil des EPF. Elle prend les décisions qui lui sont confiées par le règlement. Avec le soutien de l’état-major, la présidence garantit que le Conseil des EPF est à même d’assurer sa fonction de direction stratégique et de surveillance. Le Conseil des EPF décide de ses affaires selon le principe de la collégialité. 

Les équipes du Conseil des EPF sont réparties en différents services (voir organigramme); sous la direction du directeur administratif, elles travaillent en étroite collaboration avec les institutions du Domaine des EPF et les autorités fédérales.