Il Consiglio dei PF supporta dal 2006 quattro centri di competenza tematici per la ricerca interdisciplinare, che consentono alle istituzioni attive nei rispettivi ambiti di operare in stretta collaborazione. I centri di competenza Energia e mobilità (CCEM), Ambiente e sostenibilità (CCES), Scienze dei materiali e tecnologia (CCMX) e il National Competence Center for Biomedical Imaging (NCCBI) costituiscono una piattaforma in grado di mettere in relazione ricerca fondamentale e ricerca applicata con l’intento di inviare impulsi innovativi alla società e all’economia,  e rappresentano l’interlocutore di riferimento per richieste provenienti dall’esterno.

Il Consiglio dei PF, che nel 2012 ha investito CHF 16,1 milioni nel finanziamento iniziale dei centri di competenza, pur continuando a promuoverli, dal 2013 si ritirerà gradualmente e con tempistiche diverse dal finanziamento iniziale dei singoli centri.